本院NICU（新生児集中治療室）は1990年に滋賀県の要請により開設され、2015年には総合周産期母子医療センターとして指定を受けました。認可を受けたNICU（狭義のNICU）9床とGCU（回復期室）21床の計30床で構成され、新生児専門の医師と看護師が24時間体制で集中治療を行っています。入院の対象となる新生児は、早産児や低出生体重児、手術などが必要な先天的な異常を持って生まれた児、あるいは出生後の環境にうまく適応できず仮死や呼吸障害などのトラブルを有する児です。
院内出生児はもちろんのこと他院で出生した病的新生児も受け入れ、必要に応じて24時間体制で新生児専用救急車（ドクターカー）での搬送を行っています。当院が満床の場合には、地域周産期センターなど治療可能な施設への搬送（三角搬送）も行っています。また、NICUを退院した児の発達や育児の支援を行うために、フォローアップ外来を行っています。